Program Studi D3 Fisioterapi dibentuk tahun 2015 dibawah naungan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKes) Muhammadiyah Lamongan berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jendral Kelembagaan Ilmu Pengetahuan Kementrian Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor: 96/M/Kp/III/2015 pada tanggal 30 Maret 2015. Pada tahun 2018 STIKes Muhammadiyah Lamongan bergabung dengan STIE Muhammadiyah Paciran dan membentuk Universitas Muhammadiyah Lamongan. Program Studi D3 Fisioterapi berada di bawah Fakultas Ilmu Kesehatan.